Θεσμικό καθεστώς προστασίας για τους σημαντικούς οικοτόπους και πληθυσμούς ειδών χλωρίδας και πανίδας διαθέτει πλέον η μαρτυρική Γυάρος, τόπος εξορίας για χιλιάδες κρατουμένους κατά τον Εμφύλιο και μετέπειτα στη χούντα.
Ήδη δημοσιεύτηκε σε ΦΕΚ (Δ/389/4.6.2019) η απόφαση του τότε αναπληρωτή υπουργού Περιβάλλοντος και Ενέργειας Σ. Φάμελλου, με την οποία οριοθετείται η περιοχή προστασίας και καθορίζονται οι ζώνες με τις επιτρεπόμενες δραστηριότητες για τις χερσαίες και υδάτινες εκτάσεις του νησιού και της όμορης θαλάσσιας έκτασης μέχρι τρία ναυτικά μίλια πέριξ της Γυάρου.
Οι χερσαίες ζώνες είναι τρεις και άλλες τόσες οι θαλάσσιες (με υποζώνες) στις οποίες καθορίζονται ήπιες χρήσεις που συνάδουν με την προστασία, τη διατήρηση και τη διαχείριση της φύσης. Παράλληλα, τίθενται χρονικοί περιορισμοί στην άσκηση της παράκτιας επαγγελματικής αλιείας (π.χ. στη ζώνη Θ1 επιτρέπεται μόνο κατά την περίοδο από 1η Ιουνίου μέχρι την 31η Οκτωβρίου και αποκλειστικά με δίχτυα απλάδια, ή στην έκταση της Ζώνης Θ2 για την ίδια χρονική περίοδο αποκλειστικά με παραγάδια και με τη χρήση 1.000 αγκιστριών). Στη χερσαία Ζώνη Χ2, πέραν της επιστημονικής έρευνας και της εκτέλεσης έργων και εργασιών προς βελτίωση, διατήρηση ή και αποκατάσταση των χαρακτηριστικών του οικοσυστήματος επιτρέπονται ενέργειες και μέτρα για την αποκατάσταση και την ανάδειξη του ιστορικού τόπου, των κτηρίων και των εγκαταστάσεων.
Πρόκειται για τα χαρακτηρισμένα ως διατηρητέα από το 2001 κτήρια των φυλακών, όλα τα κτήρια, τις εγκαταστάσεις και τις κατασκευές που έγιναν με προσωπική εργασία των ίδιων των κρατουμένων. Η απόφαση ισχύει για δύο χρόνια, με σκοπό να αντικατασταθεί στη συνέχεια από Προεδρικό Διάταγμα.
Η επιστημονική τεκμηρίωση της απόφασης βασίστηκε σε Ειδική Περιβαλλοντική Μελέτη της ΜΟm / Εταιρείας για τη Μελέτη και την Προστασία της Μεσογειακής Φώκιας, στο πλαίσιο του προγράμματος Life-Nature, υπό τον τίτλο "Ολοκληρωμένη προστασία της μεσογειακής φώκιας στις βόρειες Κυκλάδες".
Η Γυάρος, έκτασης 17,76 τετραγωνικών χιλιομέτρων, θεωρείται ιδιαίτερης οικολογικής αξίας καθώς είναι μία από τις σημαντικότερες περιοχές αναπαραγωγής της απειλούμενης με εξαφάνιση μεσογειακής φώκιας (Monachus monachus) στη Μεσόγειο. Έτσι, το 2011 η περιοχή εντάχθηκε στο Δίκτυο Natura 2000 με κωδικό και ονομασία “GR4220033: Nisos Gyaros kai thalassia zoni” ως Ειδική Ζώνη Διατήρησης και Ζώνη Ειδικής Προστασίας.
Εκτός της σημαντικής παρουσίας της μεσογειακής φώκιας, η περιοχή της Γυάρου είναι επίσης σημαντική για την ορνιθοπανίδα της (ιδιαιτέρως τα είδη μύχος και μαυροπετρίτης), για τα υποθαλάσσια λιβάδια ποσειδωνίας (posidonia oceanica) και τα εκτεταμένα πεδία πυκνών ροδόλιθων / συμπαγών σχηματισμών ασβεστιτικών ροδοφυκών.
Το 2013 τροποποιήθηκε ο ισχύων (από το 1979) Κανονισμός Λιμένα Σύρου και εξειδικεύτηκαν τα όρια της ισχύουσας από το παρελθόν απαγόρευσης της αλιείας σε ακτίνα τριών ναυτικών μιλίων από τις ακτές της Γυάρου με το σκεπτικό να συμπίπτουν με τη θαλάσσια έκταση της περιοχής Natura. Με την Υπουργική Απόφαση αυτό καταργείται.
Tο 2015 ιδρύθηκε μόνιμο Θαλάσσιο Καταφύγιο Άγριας Ζωής (του άρθρου 19 παρ. 4.3 του Ν. 1650/1986) στη θαλάσσια ζώνη πέριξ της Γυάρου και σε απόσταση τριών ναυτικών μιλίων από τις ακτές για τη διατήρηση της μεσογειακής φώκιας, του μύχου, των λειμώνων Ποσειδωνίας, των υφάλων και των ιχθυοαποθεμάτων της περιοχής.
Η προστατευόμενη πλέον περιοχή της Γυάρου υπάγεται στην αρμοδιότητα του Φορέα Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών Κυκλάδων, ο οποίος ιδρύθηκε το 2018 με προσωρινή έδρα τη Σύρο.
