Η αποστολή, λειτουργία και διάρθρωση της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων περιγράφεται στο ΦΕΚ που δημοσιεύθηκε για τον οργανισμό της ΑΑΔΕ. Όπως αναφέρεται σε αυτό, είναι Ανεξάρτητη Διοικητική Αρχή χωρίς νομική προσωπικότητα, με αποστολή τον προσδιορισμό, τη βεβαίωση και την είσπραξη των φορολογικών, των τελωνειακών και λοιπών των δημοσίων εσόδων που άπτονται του πεδίου των αρμοδιοτήτων της.
Απολαύει λειτουργικής ανεξαρτησίας, διοικητικής και οικονομικής αυτοτέλειας και δεν υπόκειται σε έλεγχο ή εποπτεία από κυβερνητικά όργανα, κρατικούς φορείς ή άλλες διοικητικές αρχές, παρά μόνο σε κοινοβουλευτικό έλεγχο.
Τα Όργανα Διοίκησης της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων είναι το Συμβούλιο Διοίκησης και ο διοικητής της. Στα πρώτα πέντε έτη λειτουργίας της Αρχής, με δυνατότητα πενταετούς παράτασης, στο Συμβούλιο Διοίκησης εμπειρογνώμονας, με εμπειρία σε ζητήματα φορολογικής διοίκησης που έχει αποκτηθεί στο εξωτερικό, ο οποίος δύναται να συμμετέχει στις συνεδριάσεις του Σ.Δ., χωρίς δικαίωμα ψήφου, θα παρέχει εξειδικευμένες συμβουλευτικές υπηρεσίες σε ζητήματα βέλτιστων διεθνών πρακτικών.
Υπηρεσίες που υπάγονται απευθείας στον διοικητή είναι, μεταξύ άλλων, οι διευθύνσεις Στρατηγικού Σχεδιασμού, Διεθνών Οικονομικών Σχέσεων, Νομικής Υποστήριξης, Επίλυσης Διαφορών, Εσωτερικών Υποθέσεων, Εσωτερικού Ελέγχου, Προγραμματισμού και Αξιολόγησης Ελέγχων και Ερευνών. Ακόμη, η Φορολογική και Τελωνειακή Ακαδημία, Υπηρεσίες Ερευνών και Διασφάλισης Δημοσίων Εσόδων, Αυτοτελές Τμήμα Συντονισμού Μεταρρυθμιστικών Δράσεων και Επικοινωνίας, καθώς και οι γενικές διευθύνσεις Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Ανθρώπινου Δυναμικού, Οικονομικών Υπηρεσιών, Φορολογικής Διοίκησης, Τελωνείων και Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης και Γενικού Χημείου του Κράτους.
Στην ΑΑΔΕ λειτουργούν, επίσης, Ειδικό Νομικό Γραφείο Δημοσίων Εσόδων και Γραφεία Υπηρεσιακών Συμβουλίων, Ανώτατου Χημικού Συμβουλίου και Ανώτατης Επιτροπής Τελωνειακών Αμφισβητήσεων. Επίσης, μέσω του διοικητή της, εποπτεύει το ΝΠΔΔ “Ειδικό Ταμείο Ελέγχου Παραγωγής και Ποιότητας Αλκοόλης Αλκοολούχων Ποτών”.
