Αντίθετη με την Ευρωπαϊκή και την Ελληνική νομοθεσία κρίθηκε από το Συμβούλιο της Επικρατείας διάταξη του νόμου 1642/1986 που δεν αναγνώριζε ότι ο ΦΠΑ που βαρύνει το κόστος διατροφής των εργαζόμενων που προκύπτει από νόμιμη υποχρέωση των επιχειρήσεων εκπίπτει από τις δαπάνες.
Η υπόθεση που απασχόλησε το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο αφορούσε γνωστή ναυτιλιακή εταιρεία στην οποία η αρμόδια ΔΟΥ δεν δέχτηκε την έκπτωση του ΦΠΑ που ανιστοιχούσε στο κόστος τροφοδοσίας των πληρωμάτων. Αρχικά η εταιρεία προσέφυγε στα δικαστήρια των Χανίων που την δικαίωσαν καθώς δέχτηκαν ότι «οι ανάγκες της επιχείρησης, λαμβανομένων υπόψη ορισμένων ειδικών περιστάσεων, όπως η αδυναμία ή δυσκολία προμήθειας τροφής από τους εργαζομένους στο συγκεκριμένο τόπο εργασίας, η εξασφάλιση της υγιεινής και ασφάλειας αυτών, επιβάλλουν και μάλιστα με βάση διατάξεις νόμων ή συλλογικής σύμβασης εργασίας, στον εργοδότη την υποχρέωση αυτή, οπότε η σχετική παροχή, υπό τις προϋποθέσεις αυτές, πραγματοποιείται για σκοπό που έχει άμεση σχέση με τη λειτουργία της επιχείρησης».
Στη συνέχεια η ΔΟΥ προσέφυγε στο ΣτΕ, ωστόσο το δικαστήριο απέρριψε τους ισχυρισμούς της καθώς δέχτηκε ότι η υποχρέωση παροχής τροφής σε πληρώματα πλοίων που πραγματοποιούν εσωτερικούς πλόες, «η οποία γίνεται σε εκτέλεση υποχρεώσεως που προκύπτει από τις διατάξεις των άρθρων 101-103 του Κώδικα Δημοσίου Ναυτικού Δικαίου και του άρθρου 5 παρ.1 της 68/1946 Διεθνούς Συμβάσεως Εργασίας, που κυρώθηκε με τον ν.1163/1981 και περαιτέρω έχει σχέση με την υγιεινή και ασφάλεια των εργαζομένων αυτών, που λόγω της φύσεως της εργασίας τους παραμένουν συνεχώς εντός των πλοίων, θεωρείται λειτουργική για τη ναυτιλιακή επιχείρηση και δεν εντάσσεται στην εξαίρεση του άρθρου 23 παρ. 4 περ. δ΄ του ν.1642/1986».
Επιπλέον το Β' τμήμα του ΣτΕ ότι το δικαίωμα προς έκπτωση αποτελεί αναπόσπαστο τμήμα του μηχανισμού ΦΠΑ και δεν μπορεί, κατ αρχήν, να περιοριστεί. Τονίζει επίσης ότι σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία «περί τροφοδοσίας των πληρωμάτων», η τροφοδοσία του πληρώματος του πλοίου αποτελεί νόμιμη υποχρέωση, η οποία βαρύνει τον εφοπλιστή και κατά συνέπεια «ο ΦΠΑ εισροών που επιβάλλεται επί της δαπάνης για την εν λόγω τροφοδοσία πρέπει να δύναται να τύχει εκπτώσεως από το ΦΠΑ των εκροών, που οφείλει να καταβάλει η τελευταία».
